衞生署呼籲和鼓勵一九五○至一九七六年出生的香港居民參與政府資助的大腸癌篩查計劃。該計劃以公私營協作的模式推行，資助年齡介乎五十至七十五歲的香港居民每兩年於私營機構接受篩查。有意參加計劃的人士須先約見參與計劃的基層醫療醫生，安排進行大便免疫化學測試（Fecal Immunochemical Test，FIT）來偵測糞便中是否含有隱血（人體血紅素）。如大便免疫化學測試結果呈陽性，參加者會獲轉介到大腸鏡醫生接受政府資助的大腸鏡檢查。如測試結果呈陰性，參加者應於兩年後進行覆檢。
大腸癌篩查計劃截至二○二五年十一月底的總參與人數超過五十七萬名。一成半人的大便免疫化學測試結果呈陽性，其中約四萬五千人在接受大腸鏡檢查後確診大腸腺瘤，約三千八百人確診大腸癌，超過五成屬早期，顯示篩查的有效性。
衞生署衞生防護中心總監徐樂堅醫生表示：「大腸癌是本港第三常見的癌症，亦是本港致命癌症中的第二位。大腸癌篩查可及早識別高危人士及無病徵患者，讓他們能及早接受治療，顯著提高治癒率。此外，在大腸鏡檢查過程中切除大腸腺瘤，則可避免其演變成大腸癌。」
多年來，大腸癌篩檢主要有兩種方法：直接大腸鏡檢查，或檢查糞便隱血。糞便隱血可能是大腸癌出血，也可能是腺瘤（部分腺瘤會發展成大腸癌）引起的，如果糞便隱血呈陽性，則需要進行大腸鏡檢查以評估大腸情況。
美國胃腸內視鏡學會指出，儘管血液檢測在大腸癌（CRC）篩檢中的應用日益普及，公眾對其興趣也日益濃厚，但科學證據並不支持將其作為一線篩檢工具。理據包括，針對Guardant Shield血液檢測的臨床研究顯示，該檢測對CRC的總體敏感性為百分之八十三，對最早期（I期）CRC的敏感性為百分之五十五，對晚期癌前病變的敏感性僅為 百分之十三點二。學會指出糞便免疫化學檢測（FIT）作為非侵入性的CRC篩檢方案，與血液檢測相比，它們對CRC和晚期癌前病變的敏感性更高。例如，而每年進行一次的糞便免疫化學檢測，對大腸癌的敏感性為百分之七十三點八，對晚期癌前病變的敏感性約為百分之二十四。根據這些數據，一向認為大腸癌篩查的最佳方法是大腸鏡檢查的，血液檢測僅應推薦給那些不願意接受大腸鏡檢查或糞便檢測進行大腸癌篩檢的患者。
基於上述考慮，以及香港沒有足夠的大腸鏡醫生為所有符合資格的人士進行大腸鏡檢查這一事實，衞生署推行通過進行大便免疫化學測試的大腸癌篩查計劃，是早期發現大腸癌最具成本效益的方法。
