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益生菌是指進食後對身體健康有益的微生物，不同的菌種各具不同功效，有些能紓緩濕疹、失眠、抑鬱、焦慮、肥胖、腸道、陰道及尿道炎等問題。
中醫雖然沒有相關益生菌的論述，但從五邪六淫學說中或可窺探益生菌到底是甚麼。中醫認為風、寒、暑、濕、燥、火是自然界的六種氣候變化，稱之為六氣。但當六氣過極，氣候反常，對人體產生致病反應時，這時的六氣，便變成「六淫」。六淫乃不正之氣，也可稱為六邪。五邪則是內生的風、寒、濕、燥、火，跟六淫的分別在於，六淫為從外感染，五邪為內生，其性質相近。如果以現代醫學術語作個比喻，五邪六淫可視為能致病的細菌或病毒，如新冠、流感病毒、肺炎鏈球菌等等，都屬中醫所說的邪氣。
很多人以為病毒和細菌往往從外感染，實際上身體各個部位，特別是有黏膜的地方，如胃腸道，一向存在着各種各樣的菌群，當中有好菌和壞菌（內邪），彼此達到平衡共存狀態。若稱壞菌為邪氣，好菌便是其中一種能抗衡病邪的正氣（抵抗力）。中醫有句話：「正氣存內，邪不可干」，現在可理解為體內有足夠好菌，病邪亦不能輕易入侵。而中醫的角色，正是透過寒熱用藥，營造良好的內環境，讓好菌更適合生存，使人體正氣更強大。
